Voditelji studijskih programa predstavljaju i zastupaju studijski program, sudjeluju u organizaciji te brinu o osuvremenjivanju studijskih programa, provođenju i usklađivanju nastave na studijskim programima, brinu o unaprjeđenju nastavnog procesa, sudjeluju u provjeri i utvrđivanju ishoda učenja, koordiniraju i nadziru rad voditelja studijskih grupa, prate upise i rad studenata tijekom studija. Voditelje studijskih programa imenuje vijeće veleučilišta na neodređeno vrijeme, do razrješenja. Na funkciju voditelja može biti imenovana i osoba koja je zaposlenik na nastavnom radnom mjestu na EFFECTUS-u (nastavnik na posebnoj funkciji), u cilju ostvarenja punog radnog vremena.