EFFECTUS-om upravlja Upravno vijeće.

Upravno vijeće obavlja poslove određene Zakonom, podzakonskim aktima i Statutom Effectus-a, a osobito:

• utvrđuje razvojnu politiku EFFECTUS-a,
• donosi program rada i strategiju razvoja EFFECTUS-a i nadzire njihovo izvršavanje,
• brine o zakonitosti rada EFFECTUS-a, racionalnoj uporabi materijalnih i kadrovskih resursa,
• brine o kontinuiranom rastu kvalitete u skladu s nacionalnim i međunarodnim standardima,
• utvrđuje financijsku politiku EFFECTUS-a i donosi financijske planove,
• predlaže osnivaču promjenu ili proširenje djelatnosti,
• donosi Statut na prijedlog Stručnog vijeća, a uz suglasnost osnivača,
• donosi odluke u drugom stupnju o ostvarivanju pojedinačnih prava radnika,
• donosi Pravilnik o unutarnjem ustrojstvu i druge opće akte iz svoje nadležnosti,
• određuje osobe ovlaštene za potpisivanje financijske dokumentacije,
• daje suglasnost na pojedine odluke dekana, glavnog direktora i Stručnog vijeća sukladno Statutu,
• daje osnivačima, dekanu i glavnom direktoru prijedloge i mišljenja o pojedinim pitanjima,
• bira i razrješava dekana u skladu sa Statutom,
• obavlja druge poslove utvrđene Zakonom, podzakonskim aktima i Statutom.